Если гражданка германии выйдет замуж за гражданина РФ , на территории Молдовы , можно ведь на воссоединение подать будет в Германию с той же Молдовы ?

Можно. Только нужна справка о семейном положении из РФ, апостиль на неё и нотариальные перевод на румынский.

Вы можете жениться где угодно, и потом подать на воссоединение. Главное, не забудьте апостиль на СОБ.