У меня прибытие в Европу в Барселону, но нужно чтобы печать была, что мы оффициально прилетели в Португалию. Могут ли мне поставить печать в аэропорту Португалии? Если рейс будет из Барселоны в Португалию т. е внутренний?

Вряд ли, но если вы с целью дальнейшей легализации, можете заселиться на первую ночь в отель и попросить их отправить ваши данные в СЕФ, и на всякий взять у них инвойс с вашем именем, датой и все такое… или отдать в СЕФ форму Entrada legal в теч 3х дней по прибытии + сохраните билеты/посадочные.