Что нам будет грозить, если лимит пребывания 90 дней будет превышен только у ребенка (2 года). Мы с женой по разным делам уже уезжали и возвращались.

Ничего. На детей не распространяется.

До 16 лет ребенка этих проблем не будет. Но будьте готовы, что пограничники спросят свидетельство о рождении и т. п, чтобы убедиться, что везете своего ребенка.