Подскажите, пожалуйста, если у меня закончился загранпаспорт, смогу ли я вылететь из Казахстана обратно в Россию?

Да, делай свидетельство о возвращении.

Внутренний же есть паспорт? По нему спокойно выехать можно.

Нет, остаетесь в Казахстане, и по упрощенке получаете гражданство.

Для Казахстана не нужен загранник.