Если в сертификате о вакцинации номер старого загранника, пропустят? Или что делать?

Пропустят, не сравнивают, если и вдруг увидят не соответствие, в новом же паспорте отмечают номер старого. Не волнуйтесь, все будет хорошо.

Можно поменять загран на госуслугах, номер сразу же подтянется в сертификат, заново скачать. Мы на телефоне показывали как раз по этой причине, меняли перед вылетом, всё ок было *Если речь о спутнике в России.