Если подавать на новый испанский Шенген, если ещё не закончен прошлый на 3 месяца, то если они в новом решат вдруг отказать, то действующий не отменят?(сроки Шенгенов не пересекаются.)

Не отменят. С какой стати то?). Вы предыдущую визу получили под определенные документы, по которым Вам ее и выдали на тот срок, который сочли нужным. Дадут ли новую зависит от того, какие доки принесете сейчас, какую поездку заявите и от визовой истории. Ну, и от ситуации в общем.