Если я имею второй загранник, и въезжаю повторно по второму заграннику (новому), являюсь ли я, так сказать обнуленным в глазах РК?

По закону нет, на практике - возможно .

Дело в том, что эти 90 дней считают в ручном режиме никакой автоматической системы нет. У меня был случай. Закончился срок внж, надо было делать новый. Тут в миграционке мне говорят - а вас лишают внж. Мы видим в системе, что вы выезжали из РК более чем на 183 дня, значит лишаем вас внж. Я говорю - нифига, как так. Потом смотрят дальше. У меня на тот момент было 4 загранпаспорта и я выезжал-заезжал по разным. В итоге они сделали выгрузку по всем 4 паспортам, все посчитали, удостоверились что я не выезжал более чем на 183 дня и дали новый внж. Резюме: играет роль человеческий фактор. Если будет дотошный миграционщик и он сможет вычислить тот факт что Вы были по 1 паспорту и вернулись по другому, то узнают. Если не догадается, то нет