Получила ИИН, позвонила в комитет госдоходов, чтобы проверили идет ли прогрузка в базы. Сказали, что нет и поставили вручную.

Это не парадокс, это нормально, налоговая может увидеть на 3-5 дней позже. У меня не видели 2 недели, ходил в налоговую, они что-то вручную крутили, потом звонил, крутили опять, в итоге, через 3 недели налоговая (а банки берут оттуда) - увидела мой ИИН.