Муж и дочь имеют гражданство РФ и Эстонии, но проживают в РФ, у меня виза С. Хотим поехать к бабушке в Эстонию, пропустят ли меня?

Скорее нет, потому что муж и дочь проживают на территории РФ и для воссоединения семьи нет необходимости в пересечении границы. В базе данных пограничников есть данные о том, сколько дней в году гражданин из ЕС провел в ЕС.