едем на поезде из Каунаса. Как проходить таможню ? Или вся процедура проверки проходит в поезде?

На перроне таможня, без вопросов. Их редко бывает и ещё реже интересует что-либо. В поезде пограничники только. Поставят штамп в паспорт. Все лайтово.

По времени, если удобно, можно из Кена выехать. Я так ездил недавно: Каунас-Вильнюс-Кена. Не нужно терять уйму времени в Литве при выезде. Да и при въезде тоже.