Если заключать договор аренды на год, то на момент подачи документов на D7, сутки уже начнут капать, а на момент подачи того же в SEF?

У меня потребовали аренду на год вперед с момента въезда в Португалию по запрашиваемой визе (Москва)

Да, по последним данным из Москвы, требуют договор аренды, который закончится не раньше, чем через год с даты одобрения визы, т. е. договор лучше заключать сразу на два года (автопродление не устраивает).