Если зарегистрировался при въезде в РК, затем выехал, срок возможного пребывания в РК обнуляется или приостанавливается, либо же вообще счёт его идёт так же с момента регистрации?

Срок легального нахождения (90 дней для Россиян) считается с даты последнего пересечения границы. Т. е. каждый въезд обнуляет срок. Регистрация мигрантов из стран ЕАЭС (включая Россию) до 90 дней отменена. Регистрация (РВП или РПП) мигрантам из России нужна только для легального пребывания в Казахстане дольше 90 дней. Есть ещё уведомление о прибытии иностранцев , которое обязана подать принимающая сторона (например отель или собственник квартиры). Но это только их обязанность и ответственность. На срок вашего легального статуса (как иммигранта внутри Казахстана) это уведомление принимающей стороны никак не влияет.