Подскажите, пожалуйста, ходил ли кто в SEF с просроченной на небольшой срок ( примерно две три недели) справкой о несудимости в этом году?

Срок действия строго 90 дней.

Или с апостилем, или справка без апостиля из консульства РФ в Лиссабоне. Хотя тут уже могут быть нюансы, если не повезет с чиновником SEF.