Подскажите если при оформлении регистрации на 90 дней в Казахстане выходит сообщение: данные о пересечении границы не найдены, что это значит и что лелать?

Ничего не значит, это здесь обычное сообщение при глюках в системе.

Такое вроде было когда серия номер паспорта без пробела или наоборот с пробелом при пересечении границы ввели.

Идите в миграционку.