Подскажите, если ехать из Индии в Непал на автобусе, и если есть виза Индии (90 дней) то на границе выдадут за определённый визу в Непал? Не будет ли потом проблем при въезде в Индию обратно из Непала?

Если виза Индии электронка, то обратно только самолётом.

На месяц в Непале остановиться реально.:)

Если у вас виза разовая, то обратно не попадете. Пересекая границу индии и перемещаясь в непал вы аннулируете индийскую визу. Нужна многократная годовая. Если же годовая у вас, то наверное проблем быть не должно. Сама лечу в непал через индию в ноябре.