Заканчиваются первые 45 дней на Пхукете. Летим на два дня в КЛ, потом обратно, кто знает, можно ли будет потом еще раз выехать и заехать или только два раза по 45 дней?

Можно конечно. Постарайтесь заезжать по земле, не летать. Документы подготовить: обратный билет, контракт на жилье или бронь, деньги - наличку - подготовить (попросят показать), ну и лучше бы сделать это не одним днём, а короткой "тур поездкой" - то бишь, остаться в стране на пару тройку дней.