Вот я зарегистрировался в качестве ИП и жду рассмотрения своего дела в SEF год или два.

А могу ли я выехать и оформить себе ещё один шенген, когда тот, по которому я в Португалию заехал закончится? Например какой-нибудь французский? Или это будет считаться каким-то нарушением процедуры?