Если летал в Германию из России, показывал в России на вылет Российский паспорт, в Германии при прилете Молдавский

В принципе делайте как обычно из РФ предъявляем загран РФ и возвращаетесь также. Если даже у вас российский загран просрочен -не пустить домой не смогут так как вы гражданин РФ. А если заедете в РФ по паспорту Молдовы то через 90 дней нужно выезжать. По аналогии в Молдову желательно заезжать по документам MD даже спросроченным документам и тогда дыр и разрывов по въезду выезда в паспортах не будет. Если два и более гражданства всегда нужно заезжать и выезжать из страны по паспорту этой страны. Особенно если палить гражданства не хотите.