Подскажите пожалуйста, апостиль на справку о несудимости нужен при оформлении ВНЖ? Как мне разъяснили сама справка она вроде без срока действия, но если апостиль ставится, то тогда 3 месяца.

Не нужно.

Но при подаче на ВНЖ действительными признаются только до 180 дней.

Апостиль не требуется, он же в основном нужен для выезда в другие страны, а для Казахстана не нужен. Если решитесь уехать в Европу, то да понадобится.