Подскажите пожалуйста как лучше добираться из Бишкека в Алматы и обратно?

Самолет.

Зависит от вашего бюджета: Если дешево, то на автобусе 500 сом вроде. Часа 4 ехать (около 250 км +-) Если не любите автобусы то, такси до границы 500-600 сом и оттуда до Алматы - как повезет, может 1-2-3 тыс руб. Если любите самолеты, то можно на самолете тыс 3 +- стоит.