Кто нибудь летел москва-баку-тбилиси, подскажите, нужно ли заново регистрироваться на рейс и сдавать багаж? или сразу 2 билета на руки выдают?

Одной а/к летите? Если да, то не надо, они регистрируют сами, багаж в том числе Вы просто по транзитной зоне переходите на свой рейс.

У мя жена летела арменией. И даже из самолета не выходила. Просто посидела в самолете 40мин и улетела дальше в мскву.