у Словакии нет таких договоренностей как у Чехии с РФ, что апостиль необязателен?

Есть, но в Словакии эта договоренность не работает. Без апостилей документы у вас не примут. Но вот когда будете в РФ запрашивать проставление апостиля на справку о несудимости - указывайте в заявлении, например, Германию. Если укажете Словакию, то могут сказать, что апостиль вам для этой страны не нужен (как раз из-за «действия» этого соглашения, которое по факту в Словакии не работает).