ланирую делать жене ВНЖ по воссоединению семьи, но есть вопрос про легальный доход, так как работают на фрилансе с российскими компаниями.

Легализация дохода делается, прежде всего, через налогообложение доходов. То есть - или через 2-НДФЛ от работодателя или через регистрацию как самозанятого в РФ и легализацию доходов самозанятого. Или легализацию и налогообложение доходов как "цифрового кочевника" в стране фактического проживания...