Подскажите пожалуйста, можно выехать на поезде из КЗ в РФ и в тот же день вернуться обратно? При этом 90 дней ещё не прошли.

Выехать можете любым способом, при убытии из Казахстана ваш предыдущий срок в электронной базе полностью обнуляется, при обратном въезде у вас снова будут свежие 90 дней.