Если загран заканчивается , новый получить не дают, можно ли по российскому паспорту прилететь в Киргизию , и по нему продлевать регистрацию?

Пока можно. В Казахстане, слышал, такую практику гедавно отменили. Находиться продолжительно не резидентами там возможно только по загранпаспорту.