Подскажите, пожалуйста: российский гражданин едет из Финляндии в Германию, транзит в аэропорту Риги. Не будет проблем на таможне в аэропорту, пропустят далее?

Если он в Фингляндии значит он уже пересек границу ЕС и в Латвии проблем быть не должно.

Российский гражданин с краткосрочной шенгенской визой? Тогда главное успеть до запрета въехать в Финляндию.