Скажите пожалуйста, можно ли улететь в Германию навестить дочь и внука по немецкой гостевой визе транзитом через Эстонию? Пускают или нет?

Пускают, но лучше иметь сразу и копию свид-ва о рождении дочери и копию ее ВНЖ или паспорта немецкого (если уже есть), но виза должна быть именно немецкая гостевая.

Нельзя, не пускает Эстония транзит.