хочу уехать по экстренной репатриации. Если , будучи в Израиле при прохождении КП не будет хватать каких то документов, как быть? Не ехать же за ними снова в Россию?

Можно оставить на кого-то генеральную доверенность что бы этот человек собрал для вас необходимые документы. Останется только решить вопрос с пересылкой.

Лучше собрать максимум документов. И ещё немного «прозапас» и «на всякий случай». Но если вдруг чего-то не хватит, то ищете в рф юристов (или знакомых/родственников), даёте на них нотариальную доверенность из Израиля и они бегают собирают документы, затем переправляют Вам в ИЛ.