Если нет сертификата, а есть справка от терапевта, что нельзя прививка, меня пустят в Баку?

Навряд ли.

Если у вас медотвот от вакцинации со всеми печатями, то да, вас пропустят. Мой парень 2 недели назад спокойно прошел с ним. Звонили в авиакомпании и нам подтверждали что так можно.

Можете позвонить в авиакомпанию и уточнить у них.

Еще важно на какое время вам дали медотвод. Например, вам дали медотвод на 2 месяца, то до этого срока вам нужно успеть вылететь из страны.