Подскажите пожалуйста, кто пересекал границу Эстонию с двойным гражданством, что спрашивают, как пропускают? Имеет ли разницу что основное гражданство не рф?

Что значит «основное», для рф основное именно оно. «Как»-зависит от того, какое второе.

Прошёл 25.10 границу в Ивангороде-Нарве. В Ивангороде у русских пограничников не было ни одного вопроса. Только штамп о пересечении границы русский загранпаспорт поставили. В Нарве прошёл через автомат с немецким загранпаспортом. пограничников даже не видел.