если паспорт кончается через полгода, а я уже проехал границу эстонии, что делать?

Если выехали по шенгенской визе, то Вам всяко возвращаться в этот срок. А если по иным основаниям живете в зарубежье, то получить загранпаспорт новый можно и через посольство России в стране нынешнего проживания. Или Вы про внутренний российский паспорт написали? Тогда для пересечения границ это не критично, а получить новый внутренний можно и позднее, разве только штраф небольшой заплатите.

Через Консульство России продлевать.