Подскажите, выпускают ли из поезда Спб-Калининград в Литве? Кто то недавно так выходил ?

При наличии оснований выпускают.

Вчера встретил жену в Кяне, у меня гражданство Литвы и России, у жены виза С, с собой было свидетельство о браке с нотариальным переводом на литовский и копия моего паспорта. Как раз из СПб, билеты были до Чернышевского.