Подскажите, пожалуйста, испанскую визу сейчас только в Москве и Санкт-Петербурге получить можно? Или возможно как-то удалённо? Через турагенство, например?

Визовые центры, через которые вы подаете документы, есть и в других городах, это сами консульства находятся только в Москве и в Питере.

Екатеринбург, Казань, Нижний Новгород, Ростов на дону, Самара, Новосибирск, выбирайте что вам ближе и подавайтесь.