Сижу на вокзале автобусном, должен был ехать в Баня-Луки за визой сербской. Выяснил, что автобус едет через Хорватию. Нужна туда виза или нет? Пустят транзитом или нет?

1) нужна 2) через Хорватию не пустят, только если он следует без остановок, и то вряд ли.

Садитесь на автобус, доезжайте до автозаправки и далее автостопом. Для visa run достаточно до боснийской границы, например, до Биjелини доехать и обратно.