Скажите, а если я прилетев в Ларнаку на самолёте, решил съездить в Анталию на пароме с северной части острова, а потом обратно также. Будут какие-то негативные последствия?

Могут быть. Покидать остров легально можно только через легальные точки (Ларнака, Пафос, паромы с южной части) Заметить будет довольно просто, ТК даже если вы попросите ТРСК не ставить штампы, в Анталии их все равно поставят. Ну а дальше как поведет, может аукнуться раньше, может позже, может никогда если повезёт.