Подскажите , границу Казахстана пересекли по паспорту Рф, в течении трех дней не уведомили, нашли квартиру, но я читала что уведомление в течении 3х рабочих дней)

Возможно, будет штраф. Но вы можете находится до 90 дней.

90 дней со дня въезда можете находиться в Казахстане. Обязанность уведомлять о прибытии иностранного гражданина лежит полностью на принимающей стороне, соответственно привлечь могут только хозяина жилья, а не Вас.