Если этнический молдаванин, фамилия молдавская, родился на территории РФ, паспорт российский, взял билеты через Ереван на загранпаспорт в гости к родственникам, ранее страну посещал лет 15 назад, какова вероятность что впустят?

Как повезёт. Нужно запастись адресами родственников, телефонами. Может кто из родителей в Молдове родился или деды и вы имеете право на гражданство.

Возьмите с собой копии документов родственников, адрес где будете жить у них (должен совпадать с пропиской, они смотрят на это), телефоны их запишите для погранцов - они все это смотрят.