Скажите, пожалуйста, а в Эстонию из Италии можно ? И потом из Эстонии в Россию?

Можно.

Если Вы - гражданка РФ и возвращаетесь хоть с эстонской Шенгенской визой из Италии без нарушений её по срокам пребывания в Шенгене - даже в этом случае никаких проблем не будет, хотя въезд в Эстонию из РФ по ним перекрыли раньше всего