Если прилетели на Кипр, есть кипрская виза и болгарская виза и планируем поехать на С. К и вернуться обратно. Пропустят?

Да.

Когда я по провизе летала на ЮК, то для погранконтроля в аэропорту заранее говорила локацию в ЮК, где буду, и не упоминала, что буду заезжать на СК — они могут быть недовольны, что туристы приезжают через ЮК тратить деньги на СК. А на границе между ЮК и СК пропускают без проблем.