В консульстве в Себу, нельзя сделать паспорт? только в Маниле?

Точно, нельзя, только в Маниле. Сначала подаёте заявление, примерно через три месяца по мере готовности паспорта снова приезжаете в Манилу.

Посольство делает паспорт, а не консульство. Поэтому только в Маниле.