если на «счёт предпринимателя» в lhv приходят деньги за работу, и которые дальше уходят на оплату других услуг – налог все равно взымается или нет? До банка не могу добраться, а по телефону они мычат. Видать не готовы к таким вопросам.

Если на оплату нужд предпринимателя - не взымается (если обоснуешь что это нужно предпринимателю), а если физлицу - взымается.

На все суммы, которые поступают на предпринимательский счёт, автоматически снимается налог. Причем сумму до съёма налога на предпринимательском счёте даже не видно, грубо говоря перевели на него 100 евро, на предпринимательский поступит 80. И их можно уже использовать как хочешь. И тут банку все равно на что вы их тратите потом по факту. Если у вас есть расходы, связанные с работой, и их много, то выгоднее будет оформить OÜ или типа ИП.