Подскажите если пересадка в Белград 2 часа, но мне надо получить багаж и регистрацию пройти, я успею потом на Кипр на рейс? Или не успею.

Все зависит от того, вовремя ли прилетит самолёт.

Должны успеть. Если летите одной и той же авиакомпанией, они либо подождут, либо по быстрой регистрации пустят либо на следующий рейс вас посадят. В этом прелесть переплёта одной авиакомпанией от начала до конца.