Если я лечу из Казахстана на Бали с пересадкой в Дубае и Маниле, то ПЦР надо делать за 48 часов до прилета в Манилу или за 48 часов до вылета из Манилы на Бали?

Думается, что если при всех пересадках вы не выходите из транзитной зоны, то есть у вас посадочные до Бали, то делаете ПЦР в Казахстане и на момент прохождения таможни в Бали лучше чтобы срок ПЦР всё ещё оставался действительным, то есть не прошло 48 часов. Если билеты раздельные и на каждый рейс нужно проходить регистрацию, то по идее также нужен повторный ПЦР в каждом аэропорту пересадки.

Вам нужно проверять правила для каждой страны, где-то может ничего не нужно, где-то тест, но например в Маниле будут смотреть по времени вылета из начального пункта, а на Бали могут и по времени прилёта смотреть, тут не в курсе. Для Манилы нужен тест не позднее 48 часов из точки вылета (первой в цепочке транзитных рейсов, то есть если до этого был выход в город с отметкой в паспорте - ПЦР заново). По другим пунктам перелета - это не к нам.