Если въехал по внутреннему паспорту, но есть загран, можно ли как то получить отметку о пересечении границы по правилам или какой то документа от миграционной службы? я так понимаю это нужно для открытия счет.

Насколько я знаю нет никакой разнице по какому паспорту въехал. Я должен получить иин и пойду оформлять карту.

Нужно зарегистрироваться по месту прибывания. Это должна сделать принимающая вас сторона. Такой документ у меня просили в каспии при открытии карты.