При прохождении экстренной репатриации в Израиль, может ли моя жена прилететь позднее, после меня? Необходимо ли начинать экстренную репатриацию только вдвоём?

А с еврейскими корнями вы или она ?

Ваша жена потом может получить гражданство по другой процедуре - воссоединение семьи. Почитайте, это есть на сайте правительства Изр на русском языке. Это другая процедура, и у неё не будет льгот. Я не уверена, но сделала такой вывод, изучив сайт правительства.