Скажите поезд Мск- Калининград делает остановки на территории Литвы и можно выйти в Вильнюсе, например ?

В Вильнюсе нельзя, можно на станции Кяна. Но только при условии, что у вас есть второе гражданство или такой тип визы в Есть , который пока еще не запретили к въезду. С обычным туристическим шенгеном не получится.