Сможет кто то пояснить по истечение 90 дней нахождения в Казахстане гражданина РФ заехать обратно можно только через 90 дней? Или есть какие то другие варианты? И есть ли разница по какому паспорту заезжать загран или рф?

Разницы нет, раз в пол года на 90 дней для всех. Если хотите остаться дольше, то нужны основания - например трудовой договор на год, учеба или оформление рвп по воссоединению с семьей. И другие варианты для рвп

Уже очевидно, что при заезде по гражданскому есть проблемы, как минимум, с открытием карточки, кто-то пишет, что можно без загран, но лично меня четко спрашивали подтверждение законности нахождения в РК. Отметка погранцов ею является, это 100%. Возможно, но это нужно уточнять в банке, при отсутствии загран с отметкой, вам пригодится регистрация, но это мое предложение решить проблему, если у сотрудников банка нет этого документа в списке-инструкции, не поможет.