Скажите пожалуйста, а при вклейке визы D в консульстве они не просят предъявить второй загранпаспорт, в который при подаче ставили какую-то печать?

Тут как повезёт. Знаю случаи, когда люди скрывали наличие вторых паспортов с шенгенами, и в итоге имели в одном паспорте D, в другом - шенген. Но смысла в этом немного.