как не оказаться нелегалом, если по визе можно находиться в Португалии 3 месяца, а запись в SEF и все легализационные действия в этот срок даже не попадают. Что делать в этом случае?

Главное чтобы была запись хоть на когда. И бумажка из сефа с подтверждением записи. Тогда вы как бэ легальный нелегал. Выезжать не советую, а так, если что покажете бумагу - вот мол жду продления.