через 90 дней можно виза-ран сделать в Казахстане или только 90 дней из 180 можно находиться в стране?

Можно.

Живёте 90 дней, потом выезжаете в Киргизию например, и возвращаетесь снова на 90 дней. Во Второй приезд снова регистрацию делаете.